Três grandes linhas de acção perspectivam a actividade do LNEC: a inovação, a aplicação dos novos conhecimentos e a difusão destes no meio científico e técnico. Uma parte destas actividades desenvolve-se em cooperação com outras instituições e associações.
O LNEC desenvolve actividades em áreas temáticas da Engenharia Civil enquadradas em três grandes domínios:
O LNEC está estruturado em 10 Unidades Departamentais - 7 Departamentos e 3 Centros - e um conjunto de serviços administrativos e logísticos. A Direcção dispõe do apoio do Conselho de Orientação, do Conselho Científico e de Órgãos de Aconselhamento e de Fiscalização.